Das Problem mit einer muffig riechenden Klimanlage hatte ich in meinen beiden neueren Toyotas (Auris und Avensis) auch. Immer paar Kilometer vor Fahrtende die Klimaanlage ausgeschaltet und die Lüftung weiterlaufen lassen, damit das Kondenswasser verdunsten konnte und nach 1-2 Minuten stank es dann wie aus einem Abflussrohr im Auto. Bis ich dann mal im Hochsommer bei ca. 30Grad die Klimaanlage auf einer Strecke von knapp 600km Richtung Ostseeurlaub permanent laufen ließ, ab dann war Ruhe mit dem Gestank. Ich konnte die Klima dann ganz normal ausschalten und es kam kein gammliger Geruch mehr nach. Ich nutze die Klima sonst immer nur kurz, also nach dem einsteigen und dann maximal bis die Innenraumluft auf ein erträgliches Niveau gesunken ist. Dauerhaft läuft sie bei mir selten, maximal auf langen Autobahnfahrten.
Vielleicht hilft dir meine Erfahrung weiter